El Herbario del Departamento de Botánica, cuyo núcleo inicial se debe a Tornabene, fundador del Jardín Botánico, hospeda actualmente colecciones de particular importancia histórica y recolecciones recientes, custodiadas en 80 armarios para un total de aproximadamente 200.000 pliegos de herbario.

En ausencia de un adecuado espacio que pueda hospedar todas las colecciones, el Herbario está repartido en tres áreas distintas:

- locales semienterrados de las ex habitaciones del Director, donde están archivadas las colecciones de valor histórico y parte de las nuevas recolecciones;

- patio del edificio principal, donde están almacenadas parte de las nuevas colecciones y parte del material en fase de elaborado;

- laboratorio de florística, donde se procede a la clasificación, al prensado, a la esterilización, a la determinación y al etiquetado de las muestras.