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I successori di Tornabene 

Francesco Tornabene, quasi ottuagenario, lasciò la cattedra di Botanica nel 1892 e morì nel 1897. Gli successero Pasquale Baccarini, dal 1892 al 1900, e Giuseppe Lopriore dal 1900 al 1901.

Pasquale Baccarini e Giuseppe Loprione

Una figura dominante, all'inizio del secolo, fu quella di Fridiano Cavara (1857-1929), divenuto titolare della cattedra di Botanica nel 1901. Egli si distinse per l'attività scientifica, specialmente in campo floristico e micologico, e, soprattutto, provò ad acclimatare piante alpine sull'Etna. A tale scopo creò un Giardino Botanico Alpino, che chiamò Gussonea, ubicato nei pressi della Casa Cantoniera a 1880 m di quota.

Fridiano Cavara

Trasferitosi il Cavara a Napoli nel 1906, gli succedette Luigi Buscalioni (1863-1954), noto in Italia e all'estero per la sua produzione scientifica nei più diversi campi della Botanica; egli si adoperò, inoltre, per l'ampliamento dell'Istituto con la creazione di locali per la biblioteca e i laboratori.
Le nuove strutture, tuttavia, si rivelarono molto modeste dal punto di vista architettonico in confronto al classico edificio del Tornabene.

Luigi Buscalioni

Il Buscalioni cercò di realizzare nell'Orto l'ordinamento sistematico secondo Engler, ma le sostanziali modifiche apportate, anche se permisero un'organizzazione più razionale, comportarono la distruzione di esemplari arborei di indubbio pregio.

I successivi direttori poco influirono sulla vita dell'Orto, pur essendo noti studiosi nel campo botanico come Emilio Chiovenda, Albina Messeri e Roberto Corti.
Alla vigilia della seconda guerra mondiale assunse la direzione e l'insegnamento Gaetano Rodio. Purtroppo i danni causati dai bombardamenti, l'occupazione dell'Istituto da parte delle truppe alleate e le difficoltà post-belliche determinarono la decadenza dell'Orto.

Gaetano Rodio in un'immagine del 1951

Il nuovo direttore, Prof. Valerio Giacomini, fu costretto a sacrificare nel 1958, per i gravi danni subiti, la grande serra "Tepidario", voluta dal Tornabene.
 
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