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Retrato de  Carlo Gemmellaro
En mayo de 1845 los profesores Tornabene y Gemmellaro, junto con el rector y el vicerrector, fueron solicitados para elegir el lugar adecuado de ubicación del jardín, "ni en el centro de la ciudad ni muy lejos de la misma para que puedan acceder los estudiantes y el público en general" (TORNABENE 1887).

De las cuestiones técnicas se encargó en primer lugar el ingeniero Lorenzo Maddem; y el 28 de junio de 1845 la Diputación determinaba que el emplazamiento del jardín botánico sería en el barrio de Borgo, en la calle Stesicoro-Etna (actualmente la calle Etnea).

El 9 de junio de 1847 finalmente, tras las insistentes peticiones de Tornabene, el terreno del señor Carmelo Ferlito es adquirido, y para las sucesivas ampliaciones las áreas limítrofes, propiedad de Domenico Lizzio, Carmelo Consoli, Ignazio Giuffrida, Salvatore Mauro y Giovanni Verga.

Unos años más debieron pasar aún para la realización del "Orto Botánico". El saqueo de la casa del ingeniero Maddem durante la revolución de 1848, con la consiguiente desaparición de los proyectos, y la tardía llegada de los fondos retrasaron el comienzo del trabajo. Fue en 1854 cuando se estableció una asignación para el mantenimiento del jardín y en 1856 el encargo de la construcción del edificio fue cedido al profesor de arquitectura Mario Distefano.